شبهه حكميه عبارتست از شك در اصل حكم شرعى فرعى كلى الهى يعنى ما صدر من عند الله براى ما مجهول است . فى المثل شك داريم كه آيا اقامه در اسلام واجب است يا خير ؟ استعمال دخانيات حرام است يا خير ؟ آبى كه تغيّرش بنفسه زائل شده پاك مىشود يا خير ؟ و . . . شبهه موضوعيه عبارتست از اينكه ما حكم كلّى الهى را مىدانيم ولى در حكم اين مصداق خارجى معيّن شك داريم و حكمى كه مخصوص اين موضوع خارجى است براى ما مجهول است . فى المثل شك داريم كه اين مايع خارجى خمر است تا حرام باشد يا سركه تا حلال باشد ؟ آيا اين خمر خارجى تبديل به سركه شد تا حلال باشد يا نشد تا حرام باشد ؟ حال مطالبى كه از اوّل امر ثالث تا اينجا بيان شد كه آيا استصحاب و ساير اصول عمليه از مسائل اصوليه هستند ؟ يا از مبادى ؟ يا از قواعد فقهيه تماما مربوط بود به اصول عمليه‌اى كه در شبهات حكميه جارى مىشوند در اين‌ها اختلاف بود و به عقيدهء ما اين‌ها از مسائل اصولى شدند و امّا اصول جاريه در شبهات موضوعيه بالاجماع از مسائل و قواعد فقهيه است نه از مسائل اصوليّه . و سرّ مطلب آنست كه اصول جارى شونده در احكام داراى شرائطى هستند كه تنها براى مجتهد قابل شناخت است و مقلّد نمىتواند از آنها بهره بگيرد و مهم‌ترين شرط عبارتست از فحص و يأس از وجود دليل اجتهادى ولى اصولى كه در موضوعات جارى مىشود داراى هيچ قيد و شرطى نيست و لذا هم مقلد و هم مجتهد هر دو مىتوانند از اين اصول در مقام عمل استفاده كنند و چنين چيزى قاعدهء فقهيه خواهد بود و نه مسئله اصوليّه و لذا به رساله‌هاى عمليه هم كه مراجعه مىكنيم مىبينيم در باب شبهات حكميه احدى از فقهاء خود